Il consiglio di istituto ha un ruolo consultivo ed esprime il proprio parere sul piano di gestione e sui risultati dell’attività di ricerca svolta, nonché sulle proposte dell’istituto al dipartimento di afferenza. 

Il consiglio formula al direttore di istituto proposte in termini di programmazione delle attività, per il miglioramento della qualità delle ricerche e lo sviluppo di competenze. Nell'ambito della procedura di selezione del direttore di istituto esprime un parere al presidente sui documenti relativi alle linee strategiche di sviluppo dell'istituto presentati dai candidati.

E’ composto dal direttore di istituto e da una rappresentanza di cinque membri eletti tra i ricercatori e tecnologi e da un rappresentante eletto dal personale tecnico e amministrativo. I rappresentanti durano in carica quattro anni. L’attuale consiglio è in carica dal 16/10/24.